Bidang Kesiswaan SMK Muhammadiyah 2 Semarang berfokus pada pembinaan holistik generasi muda. Melalui organisasi otonom (Ortom) persyarikatan dan ragam ekstrakurikuler pilihan, siswa dibekali jiwa kepemimpinan, kedisiplinan, serta kompetensi nyata yang mendukung kesiapan karir.
Organisasi Otonom Muhammadiyah (Ortom Inti)
Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM)
Wadah utama organisasi kesiswaan sekolah (setara OSIS) untuk melatih kepemimpinan, kegiatan sosial, pengajian akbar, dan jurnalistik pelajar.
Gerakan Kepanduan Hizbul Wathan (HW)
Kepanduan wajib bernafaskan Islam untuk membentuk ketangguhan fisik, kemandirian di alam terbuka, kedisiplinan baris-berbaris, dan tali-temali.
Tapak Suci Putera Muhammadiyah
Seni beladiri pencak silat resmi yang telah mencetak banyak pesilat berprestasi tingkat Kota Semarang hingga Kejuaraan Nasional.